В параллельной версии Японии, где небоскребы соседствуют с традиционными чайными домиками, разворачивается история о группе не очень-то серьёзных захватчиков. Город Ф, резиденция тайной организации «Акросс», возглавляемой неординарным Ильпалаццио, готовится к мировому господству. Ильпалаццио, безупречный красавец с амбициями, видит в захвате города Ф первый шаг на пути к свершению своей Великой Цели. Но организация «Акросс» – это не что-то вроде устрашающего сообщества супергероев. Её действуют экзотические двойки – гиперактивная Эксель, безумно влюблённая в Ильпалаццио, и Хаятт, обладающая редким талантом моментально «умирать» от малейшего напряжения. Вместе они принимают на себя случайные, зачастую комичные работы, пытаясь заработать на жизнь и продвигать планы своего шефа. Сам Ильпалаццио в это время наслаждается бездельем – учится игре на гитаре, увлекается компьютерными играми. «Эксель-сага» – это не обычное аниме про захват мира. Это юмористическое погружение в мир абсурда и непритязательных амбиций. Вместо эпичных сражений и драматических поворотов, мы видим комедийные ситуации, возникающие из-за некомпетентности и странных способностей главных героев. В то время как «Акросс» строит планы мирового господства, Эксель и Хаятт борются с рутинными задачами, добавляя в сериал нотку умиротворения и лёгкости.