Майор Мотоко Кусанаги, в детстве перенесшая многочисленные операции по кибернетизации тела и ставшая полноценным киборгом, оказывается под командованием Дайсукэ Арамаки, чтобы расследовать дело о взрыве бомбы. Однако помимо нее Арамаки привлек к делу ветерана и экс-рэйнджера, по чьей вине случилось множество различных кровавых конфликтов в Южной Америке — Бато, и детектива Тогуса. Вместе эта троица должна дать отпор всем террористам.